De façon toutefois incertaine, l'église Saint-Gilles existait déjà en 1205 dans une première architecture. Démolie, une nouvelle église apparaît en 1414 en gothique flamboyant, puis agrandie en 1485, trois ans avant la mise en route de la Collégiale Saint-Vulfran.

Elle demeura ainsi trois siècles durant. Malheureusement, en 1729, deux piliers s'effondrent et la voûte s'écroule. Grâce à la solidarité abbevilloise, ils sont reconstruits.

Pour la petite anecdote, en 1764, période des durs et cruels duels à l'épée, deux soldats se battent devant l'église et dans le cimetière attenant. L'un d'eux est mortellement blessé et le cimetière fût donc fermé le temps de le "débarrasser" de la souillure et re-bénir les lieux.

En 1765, la foudre frappe et endommage le clocher et l'horloge.
Pendant la Révolution, l'église est fermée au culte et sert de magasin à fourrages. Elle est alors entièrement restaurée en 1860 en style néo-gothique, très en vogue à l'époque avec l'intérieur magnifiquement peint dont plus rien ne subsiste aujourd'hui.

Enfin, le 20 mai 1940, l'artillerie allemande détruisit la ville d'Abbeville et, en grande partie, l'église Saint-Gilles. Seuls la façade gothique et quelques murs ont pu être sauvés.

A la reconstruction, l'architecte en chef des Monuments Historiques André Sallez ne peut conserver que les façades extérieures. La ceinture de verdure autour de l'église aménagée au XIXème siècle sur l'emplacement du cimetière est réaménagée. De cet ancien lieu de sépulture ne reste aujourd'hui que la lanterne des Morts à l'arrière de l'église. Du XIXème siècle, cette petite tour de pierre abritait au crépuscule une lampe allumée qui guidait, paraît-il, les âmes des défunts.

L'église est classée aux monuments historiques par arrêté du 4 mars 1926.